โรงพยาบาลการแพทย์แผนไทย มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เริ่มก่อตั้ง เมื่อวันที่ 24 กรกฎาคม 2551 โดยปรับปรุงจากอาคารคาเฟตเก่า ของมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ จัดตั้งขึ้นเพื่อเป็นสถานที่หลักในการฝึกปฏิบัติงานและฝึกประสบการณ์ทางวิชาชีพการแพทย์แผนไทยในสถานการณ์จริงให้กับนักศึกษาแพทย์แผนไทย ตั้งแต่การรับผู้ป่วย การซักถามและบันทึกประวัติ การตรวจร่างกาย ตรวจวินิจฉัยโรค ให้การรักษาโรค หรือฟื้นฟูสภาพร่างกายด้วยวิธีการต่างๆ ตามหลักการและทฤษฎีการแพทย์แผนไทย เช่น การรักษาด้วยยา การให้คำแนะนำการใช้ยา ปรุงยา เตรียมยา และจ่ายยาให้กับผู้ป่วย การรักษาด้วยการนวดไทย อบ ประคบ และฤๅษีดัดตน การติดตามผลการรักษา รวมไปถึงหลักการบริหารจัดการในโรงพยาบาลการแพทย์แผนไทย การปฏิบัติตามข้อบังคับทางกฎหมายต่างๆ ที่มีความเกี่ยวข้อง ทั้งนี้เพื่อเตรียมความพร้อมให้กับนักศึกษาการแพทย์แผนไทย เป็นบัณฑิตที่มีความรู้และทักษะวิชาชีพ มีภาวะผู้นำ มีคุณธรรมและจริยธรรม ซึ่งเป็นคุณลักษณะที่พึงประสงค์ของบุคลากรด้านการแพทย์แผนไทย หลังจากนั้นประมาณ 1 ปี ได้มีการต่อเติมจากอาคารเดิมเป็นห้องผลิตยาแผนไทย เพื่อใช้เป็นสถานที่ผลิตยาสำหรับจ่ายแก่ผู้ป่วยในโรงพยาบาล และได้จัดให้มีพิธีเปิดอย่างเป็นทางการ ขึ้นในวันที่ 17 สิงหาคม 2552
ปัจจุบันโรงพยาบาลการแพทย์แผนไทย มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้เปิดให้บริการวิชาชีพทางการแพทย์แผนไทยอย่างเต็มรูปแบบครอบคลุมทั้ง 4 สาขา คือ
เวชกรรมไทย ได้แก่ การตรวจวินิจฉัยโรค เปรียบเทียบหาความความสัมพันธ์ของสาเหตุการเกิดโรค อาการและพยาธิสภาพของโรค วิเคราะห์ความสัมพันธ์ของธาตุกำเนิด ธาตุปัจจุบันและอาการเจ็บป่วย และหลักการของการแพทย์แผนไทย และให้การรักษาด้วยยาแผนไทย หรือยาสมุนไพร
เภสัชกรรมไทย ได้แก่ การเตรียมยาหรือผลิตยาแผนไทย สำหรับการจ่ายแก่ผู้ป่วยที่มารับการรักษาในโรงพยาบาลฯ ทั้งยาสมุนไพรเดี่ยว ยาสามัญประจำบ้านแผนโบราณ และตำรับยาสมุนไพรอื่นๆ กว่า 40 ตำรับ
หัตถเวชกรรมไทย ได้แก่ การตรวจ การวินิจฉัย และการบำบัดโรคด้วยการนวดโดยผู้ประกอบโรคศิลปะสาขานวดไทยที่มีความรู้ความสามารถ ในหลากหลายรูปแบบ เช่น การนวดเพื่อสุขภาพ นวดบำบัดโรค นวดน้ำมัน นวดฝ่าเท้า
ผดุงครรภ์ไทย ได้แก่ การส่งเสริมสุขภาวะของทารก หญิงในระยะตั้งครรภ์ ระยะคลอด และภายหลังคลอด และการดูแลตามหลักการแพทย์แผนไทย ผนวกกับการนำภูมิปัญญาการดูแลสุขภาพตามวิถีไทยโบราณมาประยุกต์ใช้ เช่น การทับหม้อเกลือ การอยู่ไฟ การประคบสมุนไพร การนั่งถ่าน ทั้งนี้เพื่อให้มารดาหลังคลอด กลับมามีสุขภาพที่แข็งแรง ด้วยบริการที่พร้อมด้วยคุณภาพและมาตรฐาน
นอกจากนี้ยังเปิดให้บริการวิชาการ และวิชาชีพแก่ชุมชน และยังเป็นสถานที่หลักในการฝึกปฏิบัติงาน และฝึกประสบการณ์ทางวิชาชีพการแพทย์แผนไทยในสถานการณ์จริงให้กับนักศึกษาหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการแพทย์แผนไทย เพื่อเตรียมความพร้อมให้กับนักศึกษาการแพทย์แผนไทย เป็นบัณฑิตที่มีความรู้และทักษะวิชาชีพ มีภาวะผู้นำ มีคุณธรรมและจริยธรรม ซึ่งเป็นคุณลักษณะที่พึงประสงค์ของบุคลากรด้านการแพทย์แผนไทย
และเมื่อวันที่ 22 มีนาคม 2562 โรงพยาบาลการแพทย์แผนไทย มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้รับการรับรองคุณภาพมาตรฐาน HA ขั้นที่ 1 จากสถาบันรับรองคุณภาพสถานพยาบาล (องค์การมหาชน) ในด้านการจัดการศึกษา สร้างความร่วมมือในการพัฒนาและรับรองคุณภาพทั่วทั้งองค์กร และเป็นโรงพยาบาลที่ได้ปรับปรุงพัฒนาคุณภาพในด้านการบันทึกเวชระเบียนผู้ป่วย การป้องกันอันตรายจากการทำหัตถการทางการแพทย์แผนไทย อีกทั้งวางระบบประเมินความพึงพอใจและรับคำร้องเรียนของผู้รับบริการ [1]
โรงพยาบาลการแพทย์แผนไทย มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์เป็นโรงพยาบาลชั้นนำด้านการแพทย์แผนไทยเพื่อสังคมไทย