พ.ศ. 2543
มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ได้มีแนวคิดในการจัดการศึกษาด้านการแพทย์แผนไทย ในระดับปริญญาตรี เพื่อเป็นการอนุรักษ์ สืบทอด และพัฒนาภูมิปัญญาด้านการแพทย์แผนไทย ให้เกิดประโยชน์ต่อการดูแลสุขภาพของคนไทย เป็นส่วนหนึ่งของการสร้างความเข้มแข็งในการพึ่งพาตนเองด้านการดูแลสุขภาพของประชาชนจึงบรรจุหลักสูตรการแพทย์แผนไทยไว้ในช่วงเวลาของแผนฯ 9 (พ.ศ. 2545 - 2549) ของมหาวิทยาลัยฯ
พ.ศ. 2544
รองศาสตราจารย์ ดร.วัลลภ สันติประชา ซึ่งเป็นรองอธิการบดีฝ่ายวิชาการในขณะนั้นได้มีหนังสือไปยังคณะต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง ได้แก่ คณะเภสัชศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ คณะพยาบาลศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์ และคณะศิลปศาสตร์ เพื่อหารือความเป็นไปได้ในการจัดหลักสูตรการแพทย์แผนไทยขึ้นในมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ซึ่งที่ประชุมเห็นชอบที่จะให้มีหลักสูตรนี้ และมีความเห็นพ้องต้องกันว่าควรจะมีจะเริ่มดำเนินการจัดทำ "ร่างหลักสูตรการแพทย์แผนไทย" และดำเนินการเพื่อการเตรียมความพร้อมไปด้วย ประมาณเดือนกรกฎาคมมหาวิทยาลัยได้แต่งตั้งคณะทำงานขึ้นมาสองชุด คือ คณะทำงานร่างหลักสูตรการแพทย์แผนไทยประยุกต์ ตามคำสั่งมหาวิทยาลัยที่ 1039/2544 ลงวันที่ 13 กรกฎาคม พ.ศ. 2544 โดยมีรองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ (รองศาสตราจารย์ ดร.วัลลภ สันติประชา) เป็นประธานคณะทำงาน และมีตัวแทนจากคณะต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง เช่น คณะเภสัชศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ คณะพยาบาลศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์ คณะศิลปศาสตร์ ผู้อำนวยการกองบริการการศึกษา และแพทย์แผนไทยส่วนหนึ่งจากภายนอกมหาวิทยาลัยเป็นคณะทำงาน และมีบุคลากรจากกองบริการการศึกษาเป็นฝ่ายจัดการและเลขานุการ กับคณะทำงานกำหนดขอบเขตเนื้อหาและคำอธิบายรายวิชาที่เกี่ยวกับการแพทย์แผนไทย ตามคำสั่งมหาวิทยาลัยที่ 979/2544 ลงวันที่ 4 กรกฎาคม พ.ศ. 2544 โดยมี รองศาสตราจารย์ ดร.สนั่น ศุภธีรสกุล เป็นประธานคณะทำงาน และองค์ประกอบส่วนใหญ่ของคณะทำงานชุดนี้ประกอบด้วยผู้ทรงคุณวุฒิด้านการแพทย์แผนไทยโรงเรียนเวชศาสตร์ไทยจังหวัดสงขลา และจากสมาพันธ์แพทย์แผนไทยภาคใต้ คณะทำงานดังกล่าวทั้ง 2 ชุด ได้ดำเนินการจัดทำร่างหลักสูตรการแพทย์แผนไทย จนแล้วเสร็จประมาณกลางปี 2545 เป็นการสิ้นสุดหน้าที่
พ.ศ. 2545
มหาวิทยาลัยได้แต่งตั้งคณะกรรมการจัดทำหลักสูตรการแพทย์แผนไทย ซึ่งในขณะนั้นใช้ชื่อว่า หลักสูตรเวชศาสตรไทยบัณฑิต ตามคำสั่งมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ที่ 0954/2545 ลงวันที่ 7 มิถุนายน พ.ศ. 2545 โดยมีรองอธิการบดีฝ่ายวิชาการเป็นประธานกรรมการ ผู้แทนจากคณะเภสัชศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ คณะพยาบาลศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์ คณะศิลปศาสตร์ คณะวิทยาการจัดการ กองบริการการศึกษา กองแผนงาน เป็นกรรมการ และมีกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ คือ แพทย์หญิงเพ็ญนภา ทรัพย์เจริญ นายแพทย์ทรงยศ ชัยชนะ นายแพทย์ชวลิต สันติกิจรุ่งเรือง นายศักดิ์ชัย จันทร์สงเคราะห์ (แพทย์แผนไทย) และนายประกอบ อุบลขาว (แพทย์แผนไทย) และมี รองศาสตราจารย์ ดร.สนั่น ศุภธีรสกุล เป็นกรรมการและเลขานุการ คณะกรรมการฯ ได้ดำเนินการจัดทำหลักสูตรต่อจากคณะทำงานร่างหลักสูตรการแพทย์แผนไทยประยุกต์
พ.ศ. 2546
หลักสูตรผ่านความเห็นชอบจากที่ประชุมคณะกรรมการวิชาการ วิทยาเขตหาดใหญ่ ในคราวประชุมครั้งที่ 10/2546 เมื่อวันที่ 9 ตุลาคม พ.ศ. 2546
พ.ศ. 2547
หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการแพทย์แผนไทยได้ผ่านความเห็นชอบจากที่ประชุมสภาวิชาการ ในคราวประชุมครั้งที่ 66(4/2547) เมื่อวันที่ 23 เมษายน พ.ศ. 2547 และผ่านความเห็นชอบจากที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย ในคราวประชุมครั้งที่ 272(5/2547) เมื่อวันที่ 26 มิถุนายน พ.ศ. 2547 และได้จัดตั้ง “โครงการจัดตั้งคณะการแพทย์แผนไทย” เพื่อรองรับการเปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาการแพทย์แผนไทย
พ.ศ. 2548
เปิดรับนักศึกษาในปีการศึกษา 2548 เป็นปีการศึกษาแรกภายใต้ “โครงการจัดตั้งคณะการแพทย์แผนไทย”
พ.ศ. 2550
ได้รับอนุมัติให้จัดตั้งเป็น “คณะการแพทย์แผนไทย” ตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย ในคราวประชุม ครั้งที่ 302 (9/2550) เมื่อวันที่ 8 ธันวาคม 2550
พ.ศ. 2551
ได้มีแนวคิดในการจัดทำหลักสูตรการแพทย์แผนไทยมหาบัณฑิต เพื่อพัฒนาภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยให้มีความเป็นสากลและเป็นที่ยอมรับของนานาชาติ ยกระดับความรู้ทางวิชาชีพการแพทย์แผนไทยด้วยการบวนการวิจัยที่ได้มาตรฐาน และได้เปิดรับนักศึกษารุ่นแรกในปีการศึกษา 2553 ปัจจุบันจัดการศึกษาโดยใช้หลักสูตรการแพทย์แผนไทยมหาบัณฑิต ฉบับปรับปรุง พ.ศ. 2554 ซึ่งเป็นหลักสูตรที่ดำเนินการตามกรอบมาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2552
พ.ศ. 2552
คณะการแพทย์แผนไทย ได้ปรับปรุงหลักสูตรเป็น “หลักสูตรการแพทย์แผนไทยบัณฑิต” ได้ใช้หลักสูตรปรับปรุง ตั้งแต่ปีการศึกษา 2553 ถึงปีการศึกษา 2554 และเนื่องจากได้มีประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง กรอบมาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2552
